لن تكون العملية سهلة، فهناك العديد من التحديات على قارعة طريق بناء شبكة حديثة، مثل التحديات التقنية في تحسين كفاءة أنظمة التشغيل وتقليل التأخيرات، والإدارية والتنظيمية وتنفيذ برامج تدريبية وتأهيلية لتأهيل وتدريب الكوادر السعودية وتمكينهم من العمل في قطاع السكك الحديدية، والاستثمارية، والبيئية باتخاذ الإجراءات اللازمة للحفاظ على البيئة والحياة البرية، والأمنية لضمان الأمن والسلامة والحد من الحوادث والتأكد من توفير الإجراءات الأمنية اللازمة للحفاظ على سلامة المسافرين والعاملين، والاجتماعية التي تتطلب التعاون مع المجتمع المحلي وتوفير فرص العمل للمواطنين وخاصة في المناطق النائية التي ستكون محطات على خارطة شبكة السكك الحديدية وتنميتها.