حكومة الكيزان السودانية لم تترك لها صديق افريقي فلديها توترات مع اثيوبيا والسودان الجنوبي وتشاد وكينيا وهناك أيضاً توتر مع منظمات إقليمية أفريقية مثل الهيئة الحكومية للتنمية (إيغاد) والاتحاد الأفريقي، حيث جمدت الحكومة السودانية علاقاتها مع "إيغاد" احتجاجاً على دعوتها لقائد قوات الدعم السريع، كما أن عضوية السودان في الاتحاد الأفريقي ما تزال معلقة منذ انقلاب 2021 مما أدى إلى تجميد علاقاتها مع "إيغاد" ورفض التعاون مع الاتحاد الأفريقي.
سياسات الكيزان خلال حكمهم الطويل (1989-2019) أدت إلى عزل السودان عن محيطه الأفريقي والدولي، وتسببت في انقسامات داخلية وصراعات إقليمية، مثل حرب دارفور وانفصال جنوب السودان، ما خلق بيئة من عدم الثقة مع الجوار الأفريقي، فاستمرار الحرب بين الجيش السوداني وقوات الدعم السريع، ومحاولة الكيزان استغلال هذا الصراع للبقاء في السلطة، يزيد من عزلة السودان ويعمق الخلافات مع الدول والمنظمات الأفريقية التي تدفع نحو تسوية سلمية.
التوترات بين حكومة الكيزان السودانية والدول الأفريقية المجاورة تعود إلى سياسات التدخل ورفض المبادرات الإقليمية، إضافة إلى إرث طويل من العزلة والصراعات التي خلفها حكم الكيزان، ما أدى إلى فقدان الثقة بين السودان وجيرانه وتفاقم الأزمات الداخلية والخارجية.