فقد أورد ابن كثير في البداية والنهاية أن عمر رضي الله عنه قد صلى بالمسجد الأقصى تحية المسجد، وصلى إماما في صلاة الفجر، قال ابن كثير: "ويقال إنه لبى حين دخل بيت المقدس، فصلى فيه تحية المسجد بمحراب داود، وصلى بالمسلمين فيه صلاة الغداة من الغد، فقرأ في الأولى بسورة "ص" وسجد فيها والمسلمون معه، وفي الثانية بسورة بني إسرائيل" وسورة بني إسرائيل هي سورة الإسراء.أنا اتبع السلف فالصحابة رضوان الله عليهم لم يعيروا تل الهيكل اليهودي أي أهمية وحتى عمر رضي الله عنه رفض الصلاة على تل الهيكل اليهودي ورفض حتى أن يتخذه بينه وبين الكعبة وقت صلاته وقال لمن اقترح هذا بعد رفض اقتراحه "لقد ضارعت اليهود"
هذا فيما يتعلق بصلاة عمر رضي الله عنه في بيت المقدس، أما الرواية الأخرى فقد ذكرت كتب التاريخ أن عمر رضي الله عنه امتنع عن الصلاة في الكنيسة حتى لا يسلبها المسلمون من الرهبان بحجة صلاة عمر فيها.
وقد سبق ذكر هذه الرواية في الفتوى