بعد أكثر من 150 عاماً من الحماية والوجود البريطاني نالت البحرين استقلالها الكامل في 15 أغسطس 1971. السلطات البريطانية توقعت من البحرين وهي الإمارة المتقدمة اقتصادياً وإجتماعياً عن بقية الامارات الخليجية آنذاك، أن تأخذ الريادة في النظام الفيدرالي مثل الامارات العربية المتحدة لكن البحرين وقطر اختاروا الاستقلال الكامل. الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة، قائد آل خليفة منذ وفاة والده في عام 1961، أصبح الأمير الجديد لدولة البحرين المستقلة .
عيَن الدستور الأمير كقائد أعلى للقوات المسلحة، في عام 1977 أختار أمير البحرين ابنه الأكبر، حمد بن عيسى آل خليفة، ليكون وزير الدفاع وقائد عام لقوة دفاع البحرين. في عام 1988 رئيس الأركان السابق خليفة بن أحمد آل خليفة عين كوزيراً للدفاع، لكن الشيخ حمد احتفظ بمنصبه كقائد أعلى قبل أن يصبح أميراً للبحرين إثر وفاة والده في عام 1999 وقبل ان يصبح ملكاً للبلاد في عام 2002 إثر التصويت على الميثاق.
أسست قوة دفاع البحرين بالأساس للحفاظ على الأمن الداخلي وحماية شواطئ أرخبيل البحرين. ومع إرتفاع مستوى التوترات في الخليج العربي، عززت قوة الدفاع من حجمها منذ عام 1984 وأضافت بشكل ملحوظ لمخزونها الأسلحة والمعدات الحديثة. وقد بلغ حجم قواتها في عام 2005 إلى 11000 جندي، الجيش: 8500 القوات البحرية: 1000 والقوات الجوية: 1500.
النفقات العسكرية التي بلغت 280 مليون دولار في عام 1982 قد انخفضت بحدة قبل أن ترتفع مرة أخرى لتصل الى 237 مليون دولار في عام 1992. وبسبب انخفاض ايراداتها من البترول أصبح لدى الإمارة موارد أقل لتغطية نفقات الدفاع من بقية الدول الخليجية الأكثر ازدهاراً. وقد خصصت دول مجلس التعاون الخليجي إعانة خاصة تقدر بـ 1.8 مليار دولار بين عامي 1984 و 1994وقدمتها للبحرين وعمان. حصة البحرين مكنتها من شراء طائرات مقاتلة جديدة وبناء قاعدتها العسكرية الجديدة.
عند انسحاب بريطانيا عام 1971 من البحرين، استئجرت الولايات المتحدة تسهيلات الميناء من حكومة البحرين من أجل قواتها في الشرق الأوسط. والذي يعتبر واقعاً بمثابة تجديد للاتفاقية البريطانية الأمريكية الذي وقعت منذ أواخر الأربعينات والتي مكنت سفن البحرية الامريكية من استخدام التسهيلات في الجفير، منطقة الميناء من العاصمة البحرينية المنامة. الإتفاقية كانت اتفاقية حساسة لإن الدول الخليجية الأخرى كانت ترفض أن تقبل بأي شكل من أشكال الاستعمار أو أن تكون مقربة جدا من الولايات المتحدة، الداعم الأكبر للكيان الصهيوني. وفي عام 1977 أنهى الأمير الاتفاقية. على إثر ذلك أجبر المقر الرئيسي للقوات الامريكية في الشرق الأوسط على سحب احدى السفن الثلاث التي كانت تشكل القوة المتواجدة حينها. بخلاف ذلك، كان تغير بسيط كنتيجة لانهاء الاتفاقية. السفن الامريكية مع وحدة الدعم المشكلة من 65 جندي بحري لازالت حينها تمتع بحق استخدام تسهيلات الميناء البحريني لعمليات القوات البحرية من أجل ضمان وفرة البترول وخطوط الإمداد والمواصلات.
خلال الحرب العراقية الايرانية، وعندما أصبحت الهجمات على ناقلات النفط الخليجية تهدد عمل مصانع التكرير وعمليات ناقلات النفط بالبحرين ، سُمِحَ للقوات الامريكية والشحن العسكري من استخدام مطار البحرين الدولي كنقطة عبور للمنطقة. السفن الكبيرة في مياه البحرين استخدمت كقواعد عسكرية امريكية لانطلاق هجمات الهليكوبترات، وللرادرات، ولأسلحة الدفاع الجوي. وفي أكتوبر 1991، وقعت البحرين اتفاقية تعاون دفاعي مع الولايات المتحدة مشابهة للاتفاقية السابقة المبرمة بين الولايات المتحدة والكويت. الاتفاقية توفر منفذ للميناء البحري ، تخزين العتاد العسكري والعمليات المشتركة بين البلدين.
قاعدة الاسناد والدعم البحري للاسطول الخامس الامريكي في منطقة الجفير غرب العاصمة البحرينية المنامة